Tras matar a las Hermanas del Destino, Kratos usa su poder para viajar al instante en que Zeus lo traicionó y consigue evitar su muerte a manos del rey de los Dioses. Kratos y Zeus se enfrascan en una lucha durante la cual Atenea terminó muerta por proteger a Zeus, revelándole esta (Calisto, madre de Kratos, ya se lo había revelado en Ghost Of Sparta) a Kratos que Zeus es su padre. Kratos reniega de esto y decide acabar con el Olimpo de una vez por todas usando el poder de las Hermanas del Destino para viajar en el tiempo hasta la Gran Guerra donde logra convencer a Gaia y a los otros Titanes de atacar al Olimpo aprovechando el momento de debilidad de los Dioses.
El juego comienza justo donde acaba God of War II. Zeus está pronunciando un discurso a los demás dioses cuando, de repente, sienten un terremoto y observan desde arriba a Kratos, que ha traído a los titanes para destruir el Olimpo. Los dioses se preparan para la segunda titanomaquia, provocando la muerte de varios titanes. Kratos, con ayuda de Gaia, se enfrenta a Poseidón (en su estado gigante), donde propina varios ataques que le hacen daño a Gaia, pero Kratos logra darle varios golpes que dañan severamente a Poseidón. Pero antes de matarlo, Poseidón le advierte a Kratos que la muerte del Olimpo traerá la muerte a todos, pero Kratos hace caso omiso y termina asesinándolo, lo que causa una inundación que acaba con la mayoría de ciudades.
Finalmente Kratos y Gaia se encuentran con Zeus, pero este le dice a Kratos que ya no tolera su insolencia y arroja un rayo, haciendo que Kratos y Gaia caigan a un abismo; Gaia logra sostenerse y Kratos, que esta a punto de caerse, le pide a la titánide que lo ayude. En ese momento Gaia le dice que si lo ayuda caerán los dos, pero Kratos le recuerda que por vengarse de Zeus es lo que lo revivió, pero Gaia reafirma eso diciendo que sólo era un simple peón y nada más. Acto seguido Gaia traiciona a Kratos y deja que este caiga al río Estigia, lo cual lo debilita. A la salida de dicho río, Kratos jura venganza no sólo de lo dioses, sino también de los titanes. En ese momento se encuentra con el fantasma de Atenea quién le ofrece sus consejos, las Espadas del Exilio y le exige asesinar a Zeus, lo cual pone confundido a Kratos (puesto que Atenea se sacrificó para salvar a Zeus y en cambio, ahora quiere que lo destruya) a lo que Kratos de forma sospechosa le pregunta por qué ese cambio, a lo que Atenea le responde que su estado actual le ha permitido ver la realidad de las cosas.